Στα προϊστορικά χρόνια πρώτοι κάτοικοι της Σκύρου εμφανίζονται οι Κάρες, οι Πελασγοί συγγενείς των Κρητών εξ ου και «Πελασγία», οι Μάγνητες εξ ου και «γη των Μαγνήτων» και οι Δόλοπες, πειρατές στην Σκύρο εξ ου και «Δολοπία».
Μετά τη νεολιθική περίοδο από το 5550 π.Χ. – 2900 π.Χ. η Σκύρος αναπτύσσει σχέσεις με βόρειο Αιγαίο, Εύβοια, Κυκλάδες και Ηπειρωτική Ελλάδα. Οι κάτοικοι ασχολούνται με τη γεωργία, κτηνοτροφία και την αλιεία.
Για τα Μυκηναϊκά χρόνια (1650 – 1350 π.Χ.) οι γνώσεις μας βασίζονται στον Όμηρο 
και τα φιλολογικά κείμενα, μέσω των δύο βασικών ηρώων που σχετίζονται με το νησί, Θησέα και Αχιλλέα, και η Σκύρος φαίνεται να κατέχει σημαντική θέση στο έπος της Τροίας. Ακολουθεί η περίοδος πριν και μετά την Αθηναϊκή κατάκτηση του νησιού οπότε αναφέρεται ότι κατοικούν Δόλοπες, Μάγνητες και Πελασγοί.
Τον 5ο αιώνα π.Χ. ο μεγάλος στρατηγός των Αθηναίων Κίμωνας 
κατακτά το νησί και εγκαθιστά Αθηναίους κληρούχους, οι οποίοι μεταφέρουν τα έθιμα, τα ήθη και τον τρόπο ζωής από την Αττική καθώς και τη λατρεία της θεάς Αθηνάς και τη γιορτή των Διονυσίων. Με το τέλος του Πελοποννησιακού Πολέμου με τη νίκη στους Αιγός Ποταμούς το 405 π.Χ. η Σκύρος παραδίδεται για λίγο στους Λακεδαιμονίους από τους οποίους την ξαναπήραν οι Αθηναίοι με την Ανταλκίδειο ειρήνη και παρέμεινε υπό τον έλεγχο τους ως τη Ρωμαϊκή εποχή.
Μετά την τελική κατάληψη της Σκύρου από τον Ρωμαίο στρατηγό Σύλλα 
το 86 π.Χ. , οι Ρωμαίοι εκμεταλλεύτηκαν τα ιδιαίτερα σκυριανά μάρμαρα τα οποία έκοβαν από τα λατομεία σε Μπαλάξα, Αλατόμι, Παπατζανή, Τρεις Μπούκες. Από σκυριανά μάρμαρα κατασκευάστηκαν μονολιθικοί κίονες που στόλισαν ρωμαϊκές οικίες, τη Βασιλική του Αγίου Μάρκου στη Βενετία και τον Άγιο Πέτρο της Ρώμης. Ρωμαϊκά ερείπια από συνοικισμούς και δεξαμενές βρίσκονται στις Τρεις Μπούκες και στην Καλαμίτσα.
Για τη Βυζαντινή εποχή δεν υπάρχουν πολλές πληροφορίες. Επί αυτοκράτορα Ιουστινιανού 
η Σκύρος αποτελούσε μέρος του Βυζαντινού Κράτους και αντικατέστησε την προχριστιανική θρησκεία με τον Χριστιανισμό από το 2ο αιώνα μ.Χ. Επί Λέοντος Σοφού το 895 μ.Χ. χτίζεται ο «Επισκοπικός ναός με το θρόνο» και επί Νικηφόρου Φωκά το 960 μ.Χ. χτίζεται ο ναός του Αγίου Γεωργίου. Το 900 οι Σαρακηνοί λεηλατούν το νησί και αποτελεί τόπο εξορίας των Βυζαντινών αυτοκρατόρων. Το 1204 οι Σταυροφόροι κατέλαβαν την Κωνσταντινούπολη και τα νησιά του Αιγαίου τα μοίρασαν σε Λομβαρδούς και Βενετσιάνους. Στη συνέχεια τη Σκύρο κατακτούν οι Φράγκοι και τότε χτίζονται οχυρώσεις στο Παλαιοκαστρο, το Μαρκέσι, το Κάστρο και την Καλαμίτσα. Το 1354 ο Δούκας Νικόλαος Δέλα Κάρτσερι κατέφυγε στη Σκύρο νικημένος και κυνηγημένος μετά τη μάχη της Σαπιέντζας από τους Γενοβέζους και χτίζει τα τείχη του Κάστρου.
Το 1538 με τον τουρκικό στόλο κατακτάται η Σκύρος από τον πασίγνωστο ναύαρχο Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσσα 
, ο οποίος διώχνει τους Βενετσιάνους και στέλνει στην Πόλη επτά καράβια λάφυρα. Το 1652 ο βενετός ναύαρχος Λεονάρδο Φώσκολο κατέστρεψε το νησί σκοτώνοντας την τουρκική φρουρά.
Το 1770 – 1774 (Ορλωφικά – η πρώτη ελληνική επανάσταση) το νησί περνά στη ρωσική κατοχή με διοίκηση Σκυριανών. Στη συνέχεια τη Σκύρο τυρράνησαν Έλληνες και Αρβανίτες οπλαρχηγοί οι οποίοι για τους καυγάδες των καπετανάτων βρίσκουν καταφύγιο και λεηλατούν τον ντόπιο πληθυσμό απαιτώντας τροφές, χρήματα και ό,τι πολύτιμο είχαν. Οι Σκυριανοί όταν πρόφταιναν κλεινόντουσαν «στους προβακάδες» (κελιά στο Κάστρο) για να προστατευθούν και να σώσουν ό,τι μπορούσαν. Εκεί φύλαγαν βασικά προϊόντα επιβίωσης και πολύτιμα αντικείμενα μένοντας αποκλεισμένοι πολλές μέρες ακόμα και χωρίς νερό.
Στην περίοδο της ελληνικής επανάστασης του 1821 
οι Σκυριανοί βοήθησαν στον αγώνα της απελευθέρωσης δίνοντας αίμα και χρήμα. Πολέμησαν ως ναύτες στα ψαριανά καράβια με περίσσειο θάρρος και θυσιάστηκαν για την ελευθερία. Τελικά η Σκύρος απελευθερωμένη εντάχθηκε στο νέο ελληνικό κράτος μαζί με τις Σποράδες το 1829.
